Cuando el detective privado, Harry Goodman, desaparece misteriosamente, su hijo Tim decide investigar lo ocurrido junto al viejo socio de su padre: Pikachú. Luego de descubrir que pueden comunicarse normalmente entre ellos, comienza su aventura por las calles de Ryme City: una ciudad donde los pokemones y humanos conviven libremente. En el camino, se irán encontrando con diversos Pokemones y descubren una sorprendente conspiración que podria amenazar el universo entero de Pokémon.